Фармацевтикалық қызметті ұйымдастыру курсымен бірге фармакогнозия кафедрасы 1953 жылы пайда болды. 1964 жылы ФҚҰ курсы медициналық тауартану курсы және фармацевтикалық қызметті ұйымдастыру болып жеке кафедра қалыптасты.

1964-1970 жылдары кафедраны ДС ҚазКСР-ң Басты дәріхана басқару басшысының орынбасары КСРО денсаулық сақтаудың үздігі М.М. Гольдман басқарды. 70 пен 90-шы жылдардың ортасы кезеңінде б.ғ.к., доцент Д.Б. Нурахов, фарм.ғ.к., доцент М.И. Радюк, фарм.ғ.к., доцент Шопабаева А.Р., фарм.ғ.к., доцент Г.А. Дюсембинова, фарм.ғ.к., оқытушылар: Л.Л. Бимурзаев, Р.И. Алиханова, Л.П. Никонова, оқытушылар – В.С. Бучнева, Б.Д. Нускабаев, Т.И. Потапова, Жумаева және т.б.кафедраның басқарылу жұмысына үлкен үлестерін қосты.

1970-1977 жылдары кафедраны және ДС ҚазГАПУ ҚазКСР басшысы және фармацевтика ғылымдарының докторы, профессор Ушбаев К.К басқарды. 1978-1987 жылдары кафедраны доцент Ш.А. Иктисамов басқарды, одан кейін 1987-1991 жылдары кафедра меңгерушісі доцент Д.Б. Нурахов болды. 1991-1997 жылдары кафедраны фарм.ғ.д., профессор Л.Б. Оконенко басқарды. 1997-2003жылдары б.ғ.д, профессор К.А. Абдуллин басқаруымен фармация экономикасы және оны басқару кафедрасын дәрілік заттар технологиясы кафедрасымен біріктірді.2003-2007 жылдары кафедраны фарм.ғ.к., доцент У.М. Датхаев басқарды. 2007 жылдың 5ақпан айынан бастап,кафедраны фарм.ғ,д., профессор Байзолданов Т.Б басқарды. 2011 жылдың наурыз айынан бастап, кафедраны ф.ғ.д., профессор Дильбарханов Р.Д. басқарды. Кафедра «Фармацевт – менеджер» модулі болып қайта құрылды. 2011 жылдың 1 қыркүйегінен бастап фармацевт-менеджер модулін фарм.ғ.к., профессор Шопабаева А.Р. басқарды.

2016 жылдың 1 қыркүйегінде С.Д.Асфендияров атындағы ҚазҰМУ-дың құрылымдық бөлімшелерінің құру және нығайту жөніндегі № 5461 л/с 21.09 2016 жылғы бұйрығына сәйкес 4 курстан фармацияны басқару және экономикасы және клиникалық фармация, фармацевтикалық химия, фармакогнозия, химия-токсикологиялық пәндер курстарымен құрылып, кафедра меңгерушісі фарм.ғ.д. профессор, Датхаев Убайдилла Махамбетұлы тағайындалды.

2017 жылдың 1 қыркүйегінде С.Д.Асфендияров атындағы ҚазҰМУ-дың құрылымдық бөлімшелерінің құру және нығайту жөніндегі №496 12.09 2017 жылғы бұйрығына сәйкес Фармацияның ұйымдастырылуы, басқарылуы және экономикасы және клиникалық фармация кафедрасы болып қайта құрылды.

Қазіргі уақытта кафедра меңгерушісі PhD, доцент Жакипбеков К.С.