Направление «Фармакогнозии и ботаники» впервые была организована в 1953 году. Первым руководителем кафедры был провизор Беликов – Штомич П.И. В 1954 году заведующим кафедрой был назначен к.мед.н., доцент Чудинов В.В., который проработал на этой должности 19 лет. Им был подготовлен 1 к.фарм.н., доцент Бошко З.И. На этой кафедре работали квалифицированные специалисты – к.м.н , доцент Писарев А.А. За это время через целевую аспирантуру защитили кандидатские диссертации 3 его сотрудника: Доброхотова К.В., Мухаметгалиев А.Г., Мурзагалиев У.М. Доцентом Писаревым А.А., совместно с Доброхотовой К.В., выпущена книга «Целебные растения вокруг нас» (1980 г.) и опубликовано более 50 научных работ. Далее руководил д.фарм.н. Никонов Г.К. За этот период защитили кандидатские диссертации 3 сотрудника кафедры (Бимурзаев А.А., Синицына В.Г.. Баймухаметов М.А.). Позднее профессором Никоновым Г.К. в соавторстве с профессором Ушбаевым К.У. выпущена книга «Лекарственные растения Казахстана» (1994 г.). В течение 13 лет кафедрой заведовал высококвалифицированный специалист к.фарм.н., доцент Мухаметгалиев А.Г. За данный период им с сотрудниками опубликовано более 50 научных работ, получено 2 рационализаторских удостоверения, выпущенные учебные пособия: «Өсімдіктану» (А.Г. Мухаметгалиев, З.Н. Кабаева) и «Учение о клетках» (А.Г. Мухаметгалиев, А.К. Лучинина). С 1995 по 2001 годы кафедрой заведовала доктор фармацевтических наук, профессор М.Н. Аширматова. За это время были подготовлены 1 д.фарм.н. (Б.К. Махатов), 7 к.фарм.н. (Л.Е. Токешова, А.М. Худайбергенова и др.) и 2 к.м.н. (С.Э. Супиева, И.В. Баскакова). Затем кафедру фармакогнозии объединили с кафедрой фармацевтической химией, во главе которого был назначен профессор Бейсенбеков А.С. Три года с 2008 г. кафедрой фармакогнозии руководила профессор Омарова Р.А, затем кафедру реорганизовали в три модуля по направлениям, заведовали кафедрой с 1 сентября 2009 года «Фармацевт-аналитик» д.фарм.н., профессор Бисенбаев Э.М., «Фармацевт-фармакогност» к.фарм.н., профессор Саякова Г.М., «Фармацевт- токсиколог» к.х.н., доцент Кожамжарова А.С.

Согласно приказу ректора КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова №496 от 12.09.2017 г. курсы фармацевтической химии, фармакогнозии и химико-токсикологических дисциплин, ранее входившие в состав кафедры фармацевтических дисциплин, были объединены в состав кафедры химико-фармацевтических дисциплин во главе с заведующей кафедрой д.фарм.н., доцента Бошкаевой А.К. С 2019 г. по 2021 г. кафедрой заведовал PhD, доцент Берилло Д.А. Затем кафедра была реорганизована и переименована как кафедра фармацевтической и токсикологической химии, фармакогнозии и ботаники. С 2021 г. по 2023 г. кафедрой заведовала PhD, доцент Жумашова Г.Т. С марта 2023 г. заведующей была к.х.н., доцент Ахелова А.Л.

Согласно приказу №542 от 13.08.2024 г. «О реорганизации и закреплении кафедр за школами на 2024-2025 учебный год» кафедра фармакогнозии с курсом ботаники была разделена от кафедры фармацевтической и токсикологической химии, фармакогнозии и ботаники и сформирована как отдельная кафедра. В настящее время заведует кафедрой к.фарм.н., профессор Саякова Г.М.

Научное направление кафедры: исследование и разработка лекарственных средств на основе сырья природного происхождения.

Кафедра обучает студентов, магистрантов и докторантов специальности «Фармация» и «Технология фармацевтического производства». Также на кафедре под руководством к.фарм.н., профессора Саяковой Г.М. и PhD, ассоц. профессора Жумашовой Г.Т. обучаются 5 магистрантов и 5 докторантов. На кафедре работают 1 к.фарм.н., 2 PhD, 5 магистров.