Фармацевтикалық химия кафедрасы 1953 жылы ұйымдастырылған, конкурстық қорытындылардың шешімі бойынша кафедра ұжымы доцент Соломон Ефимович Бабич кафедраның бірінші меңгерушісі болып тағайындалған. М.А. Бакенова, З.М. Золотавина, Е.Т. Тегізбаев, А.С. Бейсенбеков, Р.А. Жұбаева сынды оқытушылар арқасында кафедраны ұйымдастыру және оның материалды-техникалық базасын құруда үлкен жұмыстар жүргізілді. Профессор Э.М. Бисенбаев, аға оқытушы Н.В. Борисова, ассистенттер Т.П. Какорина, Р.М. Кенбаева кафедра жұмысына зор үлестерін қосты.

1969 жылдан 1979 жылға дейін фармацевтикалық химия кафедрасының меңгерушісі болып ҚазССР денсаулықсақтау және жоғары мектебінің ұйымдастырушысы, еңбек ардагері, фармацевтика ғылымдарының кандидаты, доцент Е.Т.Тегізбаев жұмыс істеді. 1979 жылы Е.Т.Тегізбаев ҚазССР үкіметінің шешімімен АММИ-ның Шымкент қаласындағы филиалының бірінші директоры болып тағайындалды.

1979 жылдан 2008 жылға дейін фармацевтика ғылымдарының докторы, профессор Бейсенбеков Алимхан Сабекұлы фармацевтикалық химия кафедрасының меңгерушісі қызметін басқарады.

Қазіргі уақытта кафедраның құрамы фармацевтикалық химия, токсикологиялық химия, фармакогнозия және ботаника бөлімдерін құрайды. Тәжірбиелік фармацияның қажеттіліктерін қанағаттандыруда және оқу процесін жалпы қамтамасыз етуге бағытталған ғылыми-зерттеу жұмысы мен оқу-әдістемелік жұмыстар бір мезгілде тұтастай мемлекеттік және орыс тілдерінде жүргізілді. Фармацевтикалық химия кафедрасының коллективі оқыту деңгейін үнемі сапалық жағынан көтеріп отырады. Материалды оқып-үйретудің әдістемелік және дидактикалық әдістері жасалынды. Оқу процесінің құрамды бөлігі болып бағдарламаланған бақылау әдісі, тестік бақылау, рефераттарды дайындау мен қорғау әдістері саналады. Студенттермен реферативтік жұмыстар фармацевтикалық химия бойынша қосымша әдебиеттерді қолдана отырып жүргізіледі.

Фармацевтикалық химия кафедрасының негізгі жұмысы анықтаудың физика-химиялық әдістерін қолдана отырып фармацевтикалық талдау бойынша жүргізілетін реферативтік және тәжрибелік жұмыс болып табылатын ғылыми студенттік ұйым бар. Әр жыл сайын ұйым мүшелері кафедралық, факультеттік, университеттік конференцияларға қатысады. Атап айтар болсақ студенттерге көбінесе ботаника пәні бойынша 1 курс, ал 3 және 5 курс студенттеріне фармакогнозия және фармацевтикалық химия пәндерінен оқу-әдістемелік практика өткізуге үлкен мән беріліп отыр. Фармацевтикалық химия кафедрасының жоспарында студенттердің оқу-мамандық тәжірбиесі орын алады. Берілген тәжірбие процесі барысында студенттер, дәрілік қалыптар сапасын бақылау бойынша оқу-мамандық тәжірбиеге сәйкес орталық ботаникалық бақта, аурухана жанындағы дәріханалық базаларда, зерттеу (сынама) аналитикалық зертханаларда, дәрілік заттарды сертификациялау бойынша мекемелерде тәжірбиеден өтеді.

Тәжірбиеден өту нәтижесі бойынша студенттер курстың жұмысқа арналған әдістемелік нұсқаулар тақырыптары бойынша курстық жұмыстар орындайды. Фармацевтикалық химия кафедрасының оқулық базасы болып студенттер оқу мамандық тәжірбиеден өтетін зерттеу-талдау зертханалары «Зерттеу орталықтары РМК ҚР ДМ «ҰОЭДЗ», «Нобел Алматы Фармацевтикалық фабрикасы» АҚ және сынақ орталығы болып саналады.

А.С. Бейсенбековтың ғылыми жетекшілігімен соңғы жиырма жыл көлемінде бекітіліп жоспарланған «Анықтаудың физика-химиялық әдістерін қолдана отырып дәрілік заттардың фармацевтикалық анализінде полиметин бояуларының түзілу реакциясын қолдану» атты тақырыпта қызметкерлердің ғылыми-зерттеу жұмысы жүргізілді.

Осы аталған тақырыпта Э.М. Бисенбаевтың, С.Е. Келимханованың докторлық, Е.В. Сергиенконың, Окойо Бенуа (Конго), А.К. Бошкаеваның, Г.А. Андропованың, С.И. Алпысбаеваның және А.К. Кесикованың кандидаттық диссертациялары қорғалған.

Ғылыми-зерттеу жұмысы нәтижесі бойынша орыс тілінде (1986 жылы) «фармацевтикалық талдауда полиметин бояуларының түзілу реакцияларын қолдану» атты оқулық жазылған (А.С. Бейсенбеков, А.М. Алиев), қазақ тілінде (1992 жылы). «Дәрі-дәрмек химия оқулығы» жазылған (А.С. Бейсенбеков, С.Е. Келимханова, Р.А. Жұбаева), қазақ тілінде (1999 жылы). «Фармацевтикалық химия оқулығы» (А.С. Бейсенбеков, С.Е. Келимханова, А.К. Бошкаева, З.К. Анангалиева) және 7 әдістемелік нұсқаулар жарық көрді, 300 ғылыми мақалалар әртүрлі ағымдағы баспасөз журналдарда басылым көрді. Соңғы кезеңдерде жарық көрген журналдар «Вопросы фармации», «Здравоохранение Казахстана», «Фармацевтический бюллетень», «Фармация Узбекистана», «Фармацевтический вестник». Ғылыми зерттеу іскерлігі бойынша «Корвалол К», «Бионастой яблочный» (тағамға биологиялық белсенді қоспа), «АБС майы», «Смектит К» дәрілік препараттарын ендіру мен талдау бойынша кейбір жұмыстар жүргізілуде. ВФС (уақытша фармакопеялық мақалалар) дайындаумен олардың Қазақстан Республикасы Фармакопеялық Комитетінде бекітілуі бойынша жаңа дәрілік препараттарға арналған жұмыстар жүргізілуде.

Фармацевтикалық химия кафедрасының ұжымы ұрпақтар байланысы, ғылыми потенциалдың өсімі, белсенділік инициативасы дамуы байқалатын, жұмысқа қабілетті, біте қайнасқан ұжым болып табылады. Қазіргі уақытта кафедраның барлық қызметкерлері әр түрлі жұмыстарға пікір бергенде (рецензиялауда) сарапшылар (эксперттер) болып табылады. (НТД-дәрілік қалыптарға). Кафедра қызметкерлері ҚР Фармакопеялық Комитетімен, Диссертациялық кеңеспен және фармацевтика факультетімен (кейбір оқытушылар факультеттің ғылыми кеңесі жұмысына қосылған). Сонымен қатар кафедраның оқытушылары профессор А.С. Бейсенбеков және аға оқытушы Е.В. Сергиенко ҚР ДМ Фармакопеялық орталықтың сарапшылары болып табылады.

2008 жылдан бастап кафедраның оқытушылары университет қағидасы бағдарламасы бойынша білімдерін жетілдіру семинарлары «Медициналық білім берудегі инновациалық технологиялар», «Жас дәрісшілер мектебі», сондай-ақ медициналық ақпараттар негізін үйрену, психология, қазақ тілі және ағылшын тілдері курстарынан өтуді жалғастырып жатыр.

Кафедраның кейбір қызметкерлері аль-Фараби атындағы Қазақ Ұлттық университетінің жанындағы оқытушылар білімдерін жетілдіру нститутында кредиттік жүйе бойынша оқытуды үйрету курстарынан өтті. Бұл оқыту курстары университеттің химия және биология факультеттері базасынан өтті.